John Paul II telah dikritik secara meluas atas pelbagai pandangannya, termasuk penentangannya terhadap pentahbisan wanita dan penggunaan kontrasepsi, sokongannya terhadap Majlis Vatikan Kedua dan pembaharuan liturginya, dan tanggapannya terhadap penderaan seksual kanak-kanak dalam Gereja.

Skandal penderaan kanak-kanak

Semasa John Paul menjadi paus, gereja terlibat dalam banyak tuntutan tentang penderaan seksual kanak-kanak oleh para paderi. Terdapat ramai orang yang percaya bahawa Gereja, dan Paus, mengetahui tentang tuntutan-tuntutan ini dan cuba menutupinya. Sebagai contoh pada tahun 1996, uskup Ireland memutuskan bahawa para paderi yang disyaki penderaan kanak-kanak mesti dilaporkan kepada pihak polis. Vatikan menghantar surat kepada uskup supaya mereka tidak melaporkan kes tersebut.[56] Surat itu dari Kardinal Joseph Ratzinger – yang telah diminta oleh John Paul II untuk mengendalikan kes-kes seperti itu.[56] John Paul II juga mendakwa telah mendapat kardinal untuk menghantar surat terima kasih kepada seorang uskup Perancis yang enggan melaporkan kepada pihak polis.[57] Pada tahun 2001 John Paul II menghantar satu surat khas yang mengatakan bahawa penyalahgunaan anak-anak oleh paderi adalah jenayah yang sangat serius, dan harus dihukum dengan tegas.[58] Sesetengah orang Katolik mahukan proses menjadikan John Paul II seorang kudus dihentikan, sehingga adanya penyiasatan terhadap peranannya dalam memastikan maklumat rahsia tentang para paderi yang tidak baik.[59]

Kontroversi Opus Dei

John Paul II telah dikritik kerana sokongannya terhadap prelature Opus Dei dan kanonisasi pengasasnya pada tahun 2002, Josemaría Escrivá, yang dipanggil 'kudus kehidupan biasa'.[60][61] Pergerakan lain dan organisasi keagamaan Gereja pergi di bawah sayapnya Legion of Christ, Neocatechumenal Way, Schoenstatt, pergerakan karismatik, dan lain-lain, dan beliau dituduh berulang kali "mengambil tangan lembut" dengan mereka, terutamanya dalam kes Marcial Maciel, pengasas Legion of Christ.[62]

Pada tahun 1984 John Paul II melantik Joaquín Navarro-Valls, seorang ahli Opus Dei, sebagai Pengarah Pejabat Akhbar Vatikan. Jurucakap Opus Dei berkata "pengaruh Opus Dei di Vatikan telah dibesar-besarkan."[63] Hampir 200 kardinal di Gereja Katolik, hanya dua orang yang dikenali sebagai ahli Opus Dei.[64]

Skandal Banco Ambrosiano

Paus John Paul dikatakan mempunyai hubungan dengan Banco Ambrosiano, sebuah bank Itali yang runtuh pada tahun 1982.[65] Pada pertengahan kegagalan bank ialah pengerusinya, Roberto Calvi, dan keanggotaannya dalam Masonic Lodge Propaganda Due (juga dikenali sebagai P2). Bank Vatikan ialah pemegang saham utama Banco Ambrosiano, dan kematian Paus John Paul I pada tahun 1978 dikhabarkan dikaitkan dengan skandal Ambrosiano.[66]

Calvi, sering disebut sebagai "God's Banker", juga terlibat dengan Bank Vatikan dan Istituto per le Opere di Religione ("Institut Kerja-Kerja Agama") dalam urusannya, dan rapat dengan Uskup Paul Marcinkus, pengerusi bank. Ambrosiano juga menyediakan dana untuk parti politik di Itali, dan untuk kediktatoran Somoza di Nicaragua dan pembangkang Sandinista. Sumbangan dana tersebut dikatakan telah berkembang secara meluas sehingga terdapat tanggapan bahawa Bank Vatikan menyediakan wang untuk gerakan Solidarity di Poland.[65][66]

Calvi menggunakan jaringan kompleks bank dan syarikat luar negara untuk memindahkan wang dari Itali, untuk mengagihkan harga saham, dan untuk mengatur pinjaman tidak selamat secara besar-besaran. Pada tahun 1978, Bank Itali membuat laporan mengenai Ambrosiano yang meramalkan bencana masa depan.[66] Pada 5 Jun 1982, dua minggu sebelum keruntuhan Banco Ambrosiano, Calvi telah menulis surat peringatan kepada Paus John Paul II, menyatakan bahawa peristiwa yang akan datang itu akan "memprovokasi bencana yang tidak dapat dibayangkan dalam mana Gereja akan mengalami kerosakan paling berat".[67] Pada 18 Jun 1982, tubuh Calvi ditemui tergantung dari perancah di bawah Jambatan Blackfriars di daerah kewangan London. Pakaian Calvi diisi dengan bata, dan mengandungi wang tunai bernilai AS$14,000, dalam tiga mata wang yang berlainan.[68]